Thonon Agglomération est administrée par un organe délibérant, le conseil Communautaire. Cette assemblée est composée de 54 délégués titulaires (et 19 suppléants pour les communes ne disposant que d’un seul représentant) issus des conseils municipaux des 25 communes membres.
Le nombre de représentants désigné par commune a été défini par la loi en fonction de leur poids démographique.