Thonon Agglomération est administrée par un organe délibérant, le Conseil communautaire composé de 54 délégués titulaires issus des conseils municipaux des communes membres.
Le Conseil communautaire, réunit au sein de l'espace réservé aux instances (Perrignier), vote les budgets et statue sur tous les sujets relevant de sa compétence.
Le Bureau communautaire, composé du Président et des 14 Vice-président(e)s, est principalement chargé de faire des propositions au Conseil communautaire. Chaque vice-président(e) coordonne et anime un domaine de compétences. Le Bureau se réunit chaque semaine pour débattre des projets de la communauté d'agglomération, déterminer ses orientations stratégiques et délibérer dans le cadre des délégations du conseil communautaire.